辦公室
作為協助中心主任及領導班子開展工作的中樞管理機構，辦公室主要職責包括：組織協調中心全面的事務性工作，并作為各機構同中心領導進行事務聯系以及中心同環保系統其他機構和單位進行業務聯系的主要傳輸通道；督辦中心各項工作和環保部交付的各項任務的落實;負責中心的公文管理和處理工作；擬定中心的重要工作計劃和方案；管理中心政務信息工作和辦公信息化平臺工作。
黨委辦公室
黨委辦公室是中心黨委的辦事部門，在黨委領導下，負責黨的思想建設、組織建設、作風建設、反腐倡廉建設和制度建設等，組織傳達貫徹上級黨組織的指示、決議，負責組織開展上級黨組織和中心黨委安排的政治活動及交辦的工作等事項。
人事處
作為環境發展中心人員管理的主管機構，人事處管理中心的人事、勞資、教育培訓、離退休等項工作，管理職工的錄用、調配、考核、晉升、任免和獎懲工作，組織專業技術職務的評審和聘任，辦理中心法人和各單位獨立法人證書、機構編碼證書的年檢、變更等。
財務處
建立并管理環境發展中心的賬戶和財務檔案，負責事業費、科研攻關費、基建費、外資項目費及橫向創收經費的管理和核算工作，編制財務預決算，建立核算體系，進行稅務登記、財政登記工作，對中心所屬各部門和單位的財務實施統一管理。
內部審計處
制定中日中心內部審計規章制度；對所屬企業化單位進行獨立的財務監督與審計；指導所屬企業化單位的經濟活動及財務制度的落實與執行；加強內部控制，消除隱患，有效防范和規避經營風險。
科技處
承擔科技發展計劃制定、科技項目管理等工作。
國際合作處
管理環境發展中心的外事工作，編制并組織實施中心外事、科技工作年度計劃，辦理重要外事活動、國際合作協議的申報，開展多種形式的環境國際合作活動，特別是對日的環保交流與合作，包括環保日貸項目及技術援助項目的日常協調管理；承擔環保法規和標準、環保部對外政策文件和宣傳資料的翻譯任務；負責科技計劃的立項、組織申報和成果驗收的技術管理工作，負責科技成果的篩選、評價與推廣。
國家環境分析測試中心
開展復雜環境介質中特征污染物分析測試方法研究和應用開發，承擔典型區域流域環境調查監測和風險評估技術體系研究，承擔社會化環境檢測機構質量監督管理技術支持工作，開展生態環境損害鑒定評估技術方法研究和相關技術服務。
科技成果轉化與產業促進中心（水體污染控制與治理科技重大專項實施管理辦公室）
開展生態環境科研成果的評估、推廣和應用等工作，承擔國家生態環境科技成果轉化綜合服務平臺建設和運行維護，承擔國家生態環境創新能力建設和科學普及工作，承擔生態環境領域國家科技計劃項目日常管理和水體污染控制與治理科技重大專項實施管理技術支持工作。
環境標準樣品研究所
負責環境標準樣品研發和相關應用技術服務，研究環境污染物計量標準、建設生態環境標準樣品體系，提供環境標準樣品、能力驗證、質控考核和臭氧校準等技術服務。承擔全國標準樣品技術委員會環境標準樣品分技術委員會秘書處工作。
環境管理與數據應用研究所
承擔環境社會風險防范和環境政策社會風險評估及相關研究工作，開展農村生態環境治理技術體系研究，開展規劃環境影響評價咨詢及相關理論技術方法研究，為地方政府和企業提供環境治理技術及政策管理咨詢服務，開展生態環境大數據應用研究，承擔生態環境人才隊伍建設和體制改革研究與技術支持工作。承擔中國環境科學學會環境社會治理專委會秘書處工作。
綠色低碳發展研究與促進中心（環境認證管理技術中心）
承擔中國環境標志標識管理相關工作；承擔低碳發展、工業生態設計、清潔生產、綠色消費等理論方法、政策法規和標準規范研究；開展區域、園區、行業和企業環境診斷、能效評估、綠色發展、碳達峰碳中和路徑研究；承擔全國碳市場數據核查相關技術支撐工作；承擔綠色消費、低碳發展、工業生態設計相關技術咨詢和技術服務等工作。
排污權交易管理技術中心
承擔排污權有償使用和交易監督管理的技術支持工作。開展排污權有償使用與交易關鍵技術研究；擬訂排污權有償使用和交易政策，評估有償使用和交易政策實施效果；負責建立和運行國家排污交易管理平臺和信息發布網絡系統；負責國家統籌的主要污染物排污權儲備、交易和拍賣；為地方排污權有償使用和交易工作提供業務指導，組織開展排污交易技術培訓；開展排污交易領域的國際交流與合作。開展污染源調查技術與數據應用相關研究。
中環聯合（北京）認證中心有限公司
原國家環境保護總局批準設立、經國家認證認可監督管理委員會批準的國內領先的環保、節能和低碳領域的綜合性認證服務機構，致力于運用市場機制解決環境管理問題，通過第三方認證與評價鏈接生產端和消費端，助力綠色發展方式和綠色生活方式的形成。主要業務領域包括生態環境保護政策研究，生態環保與應對氣候變化規劃編制，環境標準制定，環保管家服務，產品、管理體系、服務、溫室氣體排放、節能和能效、綠色供應鏈及綠色制造等認證與評價，并可為相關方提供環境問題綜合服務解決方案。
北京環標科創環境科技發展有限責任公司
中心從事環境標準樣品銷售服務的獨資公司，主要銷售由中心環境標準樣品研究所研制的環境標準樣品和國外知名標準樣品，并竭力為國內各監測機構提供包括標準樣品、配套試劑和儀器設備等全方位優質的技術服務。
北京國寰天地環境技術發展中心有限公司
中心國有控股的環境技術服務企業，業務范圍包括環境管理與經營咨詢、環境污染控制技術開發、環境影響評價咨詢及相關理論技術方法研究、技術推廣服務、認證培訓、人力資源培訓咨詢、企業管理咨詢、市場策劃、營銷信息咨詢等。
《中國環境管理》期刊
《中國環境管理》為生態環境部主管，中心主辦的中文學術期刊，國內統一連續出版物號：CN11-5806X，郵發代號：80-885。CSSCI擴展版來源期刊、AMI綜合評價擴展期刊，2019年獲評環境科學學科“最受歡迎期刊”。期刊聚焦生態環境管理的理論與現實問題，致力打造開放、多元的學術發布平臺，主要欄目包括管理研究、戰略與政策、法治與社會等。
會議服務中心（北京蘭溪賓館）
中心為實施國際環境交流合作而投資建成的一座三星級賓館。在為環保系統服務的同時，還面向社會為國內外賓客服務。賓館擁有客房96套，設有會議室、報告廳和餐廳，可對外提供會議及培訓方面的支持與服務。
